粉碎的目的在于得到适宜好氧堆肥的原料粒径。粒径是影响好氧堆肥效果的关键因素，粒径大小和分布直接影响料堆内部的气体空间及其透气性，原料粒径过大，堆体内可能产生气穴，堆体温度难以升高;原料粒径过小，堆体内气循序安不充分，颗粒间隙易被水填充，形成厌氧环境，难以好氧发酵。堆肥过程中，原料会降解，原料颗粒会逐渐减小，所以堆肥开始时，原料粒径不宜太小。

　　选择粉碎机时应考虑原料本身特点。许多有机肥厂以秸秆为辅料，粉碎秸秆时，可选择普通的秸秆粉碎机，若以林业废弃物为辅料，则应选择专门的树枝粉碎机。常用的粉碎机有立式粉碎机、锤式粉碎机。

　　粉碎机的性能指标有生产能力、吨料能耗、粉碎粒度、电机功率、电机负荷程度、噪声和粉尘浓度等。如前所述，粉碎堆肥原料时，开始的原料粒径不易太小，因此往往选择筛孔较大的筛网，甚至是无筛网的粉碎类设备。